Responsável pelo planejamento e realizações de Auditorias Planejadas e Especiais, referentes aos contratos pertencentes a esta Autarquia, a Divisão de Auditoria atua na área de obras de engenharia viária abrangendo: execuções, mediante contratações diretas e indiretas, por intermédio de convênios; termos de compromisso e instrumentos congêneres, celebrados com governos estaduais e municipais.

Os exames têm por escopo a verificação de Procedimentos Licitatórios, Termos de Referência, Projeto Básico/Executivo, execução do objeto contratado, supervisões, medições, controle tecnológico de execução dos serviços, bem como, o acompanhamento da formalização dos instrumentos de repasses por transferências voluntárias ou obrigatórias. 

Além de avaliação da atuação dos fiscais dos contratos/convênios e das correspondentes prestações de contas, essas avaliações são feitas em uma gama de serviços que abrangem os modais: Rodoviário, Ferroviário e Aquaviário e a área administrativa desta  Autarquia.